El municipio de Cortegana se encuentra en la parte oeste de la Sierra de Huelva, al Norte de la provincia, presentando una extensión de 173,1 km2 de superficie.
El núcleo urbano se levanta al Este, con una altitud de 690 m. La población desciende desde el castillo hacia zonas más bajas. Su término se caracteriza por una topografía accidentada, donde sus pequeños valles se entremezclan con cabezos y cerros que no llegan a alcanzar en ningún momento los 800 metros de altitud.
Su sierra impresiona por la riqueza y el semblante de su paisaje, destacando la zona de la Ruta de Los Molino